По хорошему должен быть только один адрес. Нода на 3000 порту должна слушать только локалхост и не торчать наружу.
Что бы сервер не отвечал по ip надо завести в nginx дефолтный серверный блок и заворачить в него все запросы кроме нужного домена. Примеров в сети вагон
Если верить доке, то локалхост по умолчанию