LiVsI

Все таки нашел решение проблемы. В пункте less profiles (плагин Less css compiler) нужно в поле exclude files by path прописать файлы исключения. Лично я перекинул все файлы исключения в папку src и в поле exclude files by path написал *

Нужно правильно настроить watcher, а именно указать, какой файл компилировать.
Например так