Думаю нужно присмотреться к swarm.

Если очень хочется запускать несколько копий nginx на одном хосте - придется отказатся от проброса порта на хост-машину:

ports:
            - '80'
            - '443'

Также добавить сеть каждой ветке приложения. В итоге получим:

nginx:
        image: nginx:latest
        ports:
            - '80'
            - '443'
        networks:
            - 1001.example.com
        restart: always
networks:
    1001.example.com:
        driver: bridge
        ipam:
            driver: default
            config:
                - subnet: 10.100.0.0/24 #Для каждой ветки своя подсеть.

Затем прописать в /etc/hosts

10.100.0.1 1001.example.com

Но это очень криво и на коленке. Не рекомендую повторять.

pass=$(/urandom tr -dc '1-9A-HJ1-9@#^&)(*%KMNP-Za-hjk5-9mnp-z1-9' | head -c8)
sed -i 's/rcon.*/rcon '${pass}'/g' /home/server/config.txt