Думаю нужно присмотреться к swarm.
Если очень хочется запускать несколько копий nginx на одном хосте - придется отказатся от проброса порта на хост-машину:
ports:
- '80'
- '443'
Также добавить сеть каждой ветке приложения. В итоге получим:
nginx:
image: nginx:latest
ports:
- '80'
- '443'
networks:
- 1001.example.com
restart: always
networks:
1001.example.com:
driver: bridge
ipam:
driver: default
config:
- subnet: 10.100.0.0/24 #Для каждой ветки своя подсеть.
Затем прописать в /etc/hosts
10.100.0.1 1001.example.com
Но это очень криво и на коленке. Не рекомендую повторять.