если сервак под линуксом, то можно немножко попариться с bash-скриптом по такому алгоритму
Делаем find всех файлов с именем *.torrent и для каждого из них:
1. Выдергиваем из торрента имена оригинальных файлов. Для упрощения можно брать первое имя первого файла или папки и на остальное забить (при условии, что файлы в рамках одного торрента перемещались все вместе). Выдернуть можно с помощью, например, этого проекта:
torrentparse.berlios.de/
2. Делаем find по имени первого файла и делаем mv *.torrent туда где этот файл лежит
3. Переходим к следующему файлу
#!/bin/bash
find . -name *.torrent -print0 | while read -d $'\0' torrent
do
# выдергиваем из файла $torrent имя огигинального файла $file
dirname=`dirname "$file"`
mv $torrent $dirname
done
код не проверял, это просто идея