# вот это
foreach ($ar_select_properties as $property) {
$query->where('product_attribute.attribute_id', $property);
}
# замени на это
$query->whereIn('product_attribute.attribute_id', $ar_select_properties );
# а перед этим
->get();
# вставь это
->groupBy('id')
#чтобы получилось вот это
->groupBy('id')->get();
Product::with('attributes')->foo()->bar();