KamilFo

Привет!
А как Вы определили, что переходы с директа заносятся в органику?
Тут дело в том, что Вы ставите utm-метки (насколько я понял) на яндекс-директовские ссылки для GA. Любой переход по такой ссылке будет в GA засчитан как яндекс-директ. Если кто-то перешел по объявлению, потом скопировал урл, запостил в соц-сеть, отправил другу по скайпу (вместе с метками) - все будет в GA помечено как яндекс-директ.
В метрике же Вы смотрите не utm-метки, а просто источник - яндекс-директ. Отсюда и разница может быть.

Но, так или иначе, на данный момент utm-метки самый приемлемый способ анализа директа в GA.

Это нормально, сам так делал.
Ещё можете поиграться с атрибутом async в подключаемом скрипте. Это позволит грузить скрипт асинхронно, и может убрать тормоза.
<script async src="some.js"></script>

checkout/cart.php - это контроллер, который принимает входные данные из формы. Далее, идет запрос в библиотеку library/cart.php, оттуда уже информация пишется в сессию.

Соответственно, если у вас несколько цен, которые зависят от количества товара, то вам надо либо в базе хранить все цены, либо иметь алгоритм, который позволит определить цену, в зависимости от конкретного количества товара (1 товар - 100% цены, более 5 товаров - 90% цены и т.д.). В таком случае достаточно получать количество товара на клиенте и на сервере и через выработанный алгоритм определять цену (вычисляем нужную цену от 100% цены, которая указана в админке).

Соответственно, количество товара в виде переменной $quantity передается в контроллер, а цена товара (или несколько) - тянутся из базы через модель товара, которая подгружается в контроллере.