Привет!
А как Вы определили, что переходы с директа заносятся в органику?
Тут дело в том, что Вы ставите utm-метки (насколько я понял) на яндекс-директовские ссылки для GA. Любой переход по такой ссылке будет в GA засчитан как яндекс-директ. Если кто-то перешел по объявлению, потом скопировал урл, запостил в соц-сеть, отправил другу по скайпу (вместе с метками) - все будет в GA помечено как яндекс-директ.
В метрике же Вы смотрите не utm-метки, а просто источник - яндекс-директ. Отсюда и разница может быть.
Но, так или иначе, на данный момент utm-метки самый приемлемый способ анализа директа в GA.