Писал на форум разработчика плагина, здесь, на stackoverflow - подобных вопросов куча, а вот ответов ноль. Копался неделю, в итоге методом тыка сделал.

functions.php

// Включаем поддержку меню
add_theme_support( 'menus' );
// Создаем меню
function register_theme_menus() {
	register_nav_menus(
		array(
			'primary'	=> __('Primary Menu', 'имявашейтемы'),
      'second' => __('Second Menu', 'имявашейтемы')
		)
	);
}
add_action('init', 'register_theme_menus');

header.php

// Создаем условие, 
// если у нас 'главная страница', то загружаем меню 'primary'
if (is_front_page()) {
  wp_nav_menu( array(
      'theme_location'        => 'primary',
      'menu_class'  => 'nav navbar-nav darka', #это стандартные стили bootstrap 3
      'container'   => 'false',
    ) );
} 
// в любом другом случае грузим меню 'second'   
else {
  wp_nav_menu( array(
    'theme_location'        => 'second',
    'menu_class'  => 'nav navbar-nav darka', #это стандартные стили bootstrap 3
    'container'   => 'false',
  ) );   
}

Осталось правильно настроить меню в адмике WordPress, думаю с этим проблем уже не возникнет. Вот и всё. У нас получилось четыре работающих меню [меню на главной - рус], [меню на главной - англ], [меню блога - рус], [меню блога - англ].

P.S. Для этого проекта мне это не нужно, но очень интересно как сделать эту структуру с тремя меню, пробовал это в самом начале, не получилось, отказался от такой страктуры, но задачка интересная - может как нибудь покапаюсь :)