Мне, в свое время, помогло изучение шаблонов (паттернов) проектирования. Понравилось как преподнес эту тему Мэтт Зандстра в книге "PHP: объекты, шаблоны и методики программирования", начиная с 7-й главы.

1. Перенесите все нужные файлы на SSD.
2. Установите GParted.
3. С помощью GParted отформатируйте HDD и сделайте нужную Вам разметку.
4. Переместите файлы обратно.
5. Обновите GRUB: sudo update-grub

P.s. О разделе подкачки можете не беспокоится, все равно он у Вас на HDD и большой пользы от него не будет. Но все же если он нужен, сделайте его на SSD c помощью того-же GParted.

Такое решение Вам подойдет?
Видео...