1. Перенесите все нужные файлы на SSD.
2. Установите GParted.
3. С помощью GParted отформатируйте HDD и сделайте нужную Вам разметку.
4. Переместите файлы обратно.
5. Обновите GRUB: sudo update-grub
P.s. О разделе подкачки можете не беспокоится, все равно он у Вас на HDD и большой пользы от него не будет. Но все же если он нужен, сделайте его на SSD c помощью того-же GParted.
