Как подготовиться к собеседованию на вакансию JavaScript программиста?

... И занять самому вакантное место.

На чём лучше писать большого демона?

)

Моделирование эпидемии?

Неа есть флешка на конгрегате, где в результате распротранения вируса превращаешь людей в зомби, она с мат. точки зрения реалистичней, и просто прикольней.

Свободный CAD....?

Если уж так я бы советовал сразу Blender. К нему можно и по мере надобности и физическое моделирование прикрутить.