Марат

Тот питон, который Вы считаете не основным нужно переименовать, т.е. в папке питона 2.7 переименовываем python.exe в python27.exe. Тогда по умолчанию будет вызываься версия 3, а к этому нужно будет прописывать путь особо. Сам не использовал, читал где-то в гуглах ибо у самого такой зоопарк. Есть более простой метод winpython и некоторые другие сборки предоставляются портабельном виде, этим путем я и пошел. По втрому пункту, боюсь никак, utf появилась в питоне только с третей версии.

C# очень популярен в среде создания программ и алгоритмов для трейдинга на рынке форекс и фондовом, а виндовс (и следственно программирование под .нет) фактически являются стандартом для всей этой сферы. Очень многие программы дотупа на биржи либо напрямую поддерживают С# либо предоставляют интерфейс доступа для реализации алгоритмов под нет. Только учтите, однако, самый популярный у нас метатрейдер умеет общаться только через dll механизм. Еще одна сфера это околонаучный или научный софт под виндовс. Поскольку польшинство технарей-промышленниов (в.ч. и в ВУЗах) весьма не дружат с линуксовской "авадокедаврой" в "башах", а из всего спектра программирования в лучшем случае используют матлаб напополам с екселем, среда нет самое оно для быстрого вопрлощения их идей. Например недавняя вакансия, которую я видел, по C# была в компании разрабатывающей программу распознавания голоса.

Когда еще учился на "типа эколога" подобные задачи всегда у нас решались по одной модели: хищник - жертва - кормовая база. Конкретную литературу сейчас не скажу, чтал в ленинке и за почти 15 лет все забыл. Посмотрите на мат. моделирование экосистем. Литературы полно и отечественной (еще советской). Навскидку:
Больной человек - хищник
Здоровый - жертва
В результате "поедания" жертвы "рождается" хищник.
У хищника относительно короткий срок жизни (ну и выздоровление и смерть) это "смерть".
Вероятность встречи хищника и жертвы зависит от их численного соотношения. Вероятность заболеть (то есть вероятность того, что хищник съест жертву) видимо можно принять постоянной (если не учитывать мутации, погодные условия и т.п.,) если Вы берете время больше чем сезон эпидемии (то есть наверно несколько лет как у гриппа) нужно учитывать приобретенный иммунитет.
Все вышеописанные три (или четыре вместе с вероятностью заболеть) параметра являются функцией друг друга и времени. То есть у Вас должна получиться систеаса: три-четыре обыкновенных дифференциальных уравнения по времени, решение которых (встроенной в любой мат пакет) "рунге-куттой" и даст требуемую картину сосуществования разных биологических видов в динамике. Советую не суйтесь пока в эпидемиологию, просто набросайте мат. костяк задачи исходя из здравого смысла. А потом можно добалять и добавлять факторы, благо симулинк есть, simpy и т.д.

Увы не пользовался.
https://tinkercad.com/ - он лайн инструмент для 3д моделирования, хороший
http://www.opencascade.org/ - это самое качественное и проффесиональное решение из того, что я знаю - опсанаие http://en.wikipedia.org/wiki/Open_CASCADE
http://en.wikipedia.org/wiki/3D_computer_graphics_software - вот здесь хороший обзор.
http://math.nist.gov/phaml/ - это не совсем кад, это "заготовка" под хороәий кад - система конечноэлементного моделирования. Это если Вам нужна основа для разработки собсвенного.
Советую поискать еще на https://sourceforge.net в соответсвующей категории, но там много недоделок.

Точную ссылку дать ленюсь (и да поможет Вам гугл), но пару лет назад проводились сравнительные испытания свободных дистрибутивов под высоконагруженные научные вычисления. Самым быстрым был признан CentOs (кстати на нем базируется ваш CAElinix). Поскольку я сам занимаюсь расчетом технологических процессов, я отмечаю такие вещи. Думаю Вам в приоритете гораздо выгоднее изучать технологии организаций параллельных вычислений, судя по компьютеру например CUDA NVidia как раз для Вас. Это и прирост в производительности даст гораздо больший, да и знания эти менее подвержены устареванию и гораздо ближе к Вашему осноному профилю.
Что же касается компиляции, то собрать "под себя" из исходников можно любой дистрибутив, просто генту возвела этот принцип в ранг центральной идеи. З.Ы. если интересно, сам использую основанные на дебиане дистрибутивы, но это просто привычка, а "ловить мух" в процентах скорости для меня не так важно.