V Sh.

Если я ничего не путаю, то при создании проекта по шаблону у вас уже есть размеченная иерархия. Есть папка "Scripts" для скриптов, папка "Content" для хранения стилей. MVC - это совсем не про то, где и как хранить файлы. MVC - это про то, что все объекты и классы вы храните отдельно (по умолчанию папка "Models"), то, что вы хотите показать пользователю вы пишите также отдельно во View, а то, как View взаимодействует с вашими классами (логику) вы уже прописываете в контроллерах (Controllers).

Посмотрите в сторону LINQ TO XML.

XDocument xdoc = XDocument.Load(pathToXMLFile);
int countRecord = (from xe in xdoc.Root.Descendants("record") select xe).Count();
int countField = (from xe in xdoc.Root.Descendants("field") select xe).Count();

По скорости не скажу, но должно быть получше.

Можете сами реализовать слои на канвасе. Каждому слою соовтествует свой bmp-файл, где определенный цвет означает прозрачность. Изменения на слое изменяют привязанную к нему матрицу (bmp-файл). Затем просто рисуете эти файлы один поверх другого (слои). Только вот будет очень все это тормозить. OpenGL работает по схожему принципу, но там также используются Снимки слоев, которые хранятся непосредственно в кэше и не перерисовываются.

Вообще, вот построение графического редактора с поддержкой слоев с нуля:
esate.ru/uroki/OpenGL/uroki-OpenGL-c-sharp