АртемЪ

Существует множество программ позволяющих осуществлять синхронизацию локального каталога с FTP.
Ну как вариант WinSCP

Ну или разбить задачу на две подзадачи-
1)Отследить изменения в папке - существует куча скриптов на разных языках, легко гуглится.
2)Передать измененые файлы на ftp - ну тут либо штатный ftp клиент windows из командной строки, либо что-то более удобное вроде wput.
В итоге - задание в планировщик которое будет с нужной периодичностью запускать скрипты.

Ничего.
С чего вы решили что должно быть быстрее?
Попробуйте другой протокол, возможно ситуацию немного лучше будет, но большого увеличения скорости ждать не стоит, у вас и так скорость неплохая.

есть NAS на котором запущен FTP-сервер, он подключён к сети 1Гбит Ethernet. В синтетических тестах (Lan Speed Test) и том же iperf скорость передачи близкая к теоретически максимальной (960МБ/с).

Вы где то сильно ошибаетесь. Такое невозможно ни физически, ни теоретически.
При подключении к сети 1Гбит Ethernet, максимально возможная скорость передачи файлов равна 1000/8=125МБ/с
Чтобы обеспечить скорость в 960МБ/с вам нужен линк на 10Гбит как минимум.

А вот при фактическом копировании/записи файлов скорость ограничена 10 МБ/с.

Фактическая скорость будет в основном ограничена скоростью дисков, так что вполне нормальная ожидаемая скорость для бюджетного NAS'а.
Если хотите повысить скорость - ставьте более быстрые диски, распределяйте нагрузку между дисками, и.т.д.

Т.е для вас максимальная скорость передачи ограничена скоростью 125МБ/с
А реальная будет зависеть от двух вещей -

• Производительностью дисковой подсистемы. Для среднестатического диска это примерно 1-100МБ/с в зависимости от нагрузки
  
• Производительностью ОС файлового хранилища. Зависит от скорости работы процессора, наличия памяти и настроек.
  

Например bittorrent

ну к примеру на уровне протокола невозможно получить свободный/занятый размер на FTP хранилище.

Если вы хотите получать размер хранилища, вам нужен явно не протокол передачи файлов.
Для протокола передачи файлов это информация совершенно ненужная и излишняя. И поэтому ни один протокол передачи файлов вам такого функционала не даст.

Тут вам скорее нужно что-то вроде протокола доступа к файловой системе. или что-то подобное.
Посмотрите в сторону SMB и WebDAV

Яндекс диск - террабайт за 900рублей.

Не давайте пользователю доступ к папке где лежит этот файл.

ownCloud Позволяет все вышеперечисленное.
Что именно затрудняетесь сделать?

Как вариант BtSync