Чтобы ничего не потерялось при обновлении шаблона, все записи должны находиться в базе данных. Так же, в нормальной ситуации, обновление шаблона и обновление плагина не должны влиять на контент сайта, но могут и должны влиять на изменение внешнего вида, функционал, ссылки и т.д.
Лично я плагином Recipe Marker не пользовался, но визуально он выглядит как самый обычный — скорее всего он создает дополнительный тип записи, выводит шаблоны, стили и фильтры
Но, вы должны понимать, что никто без просмотра когда вашего сайта не сможет дать вам 100% верный совет только лишь по вашему текстовому описанию. Настоятельно рекомендую сделать бекап сайта перед любыми вашими действиями, чтобы откатиться на него в случае чего