"Насколько я понимаю, удаление службы грозит невозможность проверки выданных сертификатов (на основании самоподписного Root)."
Почему вы так думаете?
CA не нужно наличие ADDS на той же машине для функционирования.
Плюс она бекапится и восстанавливается довольно просто. Так что бекапы, DC force removal, install new OS, promote new DC, restore CA.
Последний пункт даже правильнее звучит так - build new VM, restore CA.