Все работы выполнены успешно!
Порядок действий:
1. Полный бэкап DC и центра CA.
2. Удаление центра СA.
3. Понижение DC.
4. Повышение DC.
5. Установка CA.
6. Восстановление бэкапа CA.
7. Проверка публикации сертификатов в IIS. Перепубликации в случае проблем.
Сейчас КД работает правильно и полноценно, как и центр CA.
