1. Бутстрап состоит из компонентов, никто не мешает вам при сборке использовать только нужные.
2. Логично что дизайнер должен знать об использовании бутстраповской сетки и готовить макеты под неё, иначе смысл пропадает.
3. В любом случае бутстрап подходит только для каких-то корпоративных сайтов со стандартизированной сеткой и т.п., для сложных креативных дизайнов он не подходит вообще.
1. Проектирование. Вначале рассмотрите проект со всех сторон, выделите общие элементы, цвета и т.п. Все это запишите.
2. Используйте препроцессоры вроде LESS.
3. Используйте хорошие IDE с нормальной подсветкой кода вроде WebStorm.
