Ну такая ситуация сможет произойти если человек 10 в один момент обратятся к боту (10чел чтобы хотя бы 2-3 обновления прилетело одновременно). Учитывай это, ведь система сможет выпилиться.
А так нужно передать параметр offset в GetUpdates с отрицательным значением
Telegram требует HTTPS-соединение. Тут нужно привязать домен с активным SSL сертификатом подписанным центром (причем ранние версии (1.0,2.0) уже не поддерживаются).