Никому не говорите про коммутаторы 1 уровня... Модели OSI я так понимаю?)
По Вашим вопросам:
1) Деньги обычно планируются на год или квартал вперед. Т.е. видно, что железка не справляется, что запасных частей нет и т.д. Говоришь руководству, что мол вот так и так, мне нужно это и это потому что вот так и так. Иначе будет вот так и мы тут будем сидеть без нифига. Если руководство адекватное, то часть требований одобрит и выделит под это денег. Поэтому сразу можно просить процентов на 20 больше :)
Проверки - смотря какие. На вирусы- лучше ночью, или в пятницу. Комп сам выключается после проверки или включается для нее. Нужно больше конкретики :)
2) Пользователи - наше все. Все зависит от способности нравится людям) Считай, что все они мало что смыслят и нужно подробно им все объяснять. Этим достигается цель а) тебе будут говорить спасибо б) продвинутые пользователи будут приятным подарком :) Если правильно вести - будут еще и тортики тоскать.
По поводу софта пиратского - тут каждый решает сам. Я всегда и везде говорю твердое нет, потому что если что - за жопу будут брать именно меня. Но, опять так, объясняю, почему я не буду ставить. Если заставляют ставить - задумайся.
3) Модель OSI она от масштабов не зависит. Хоть 4, хоть 400 узлов.
Я бы порекомендовал ставить систему мониторинга, на сервера и сетевое. Пользователей не трогаем. Для интереса можно все на скриптах сделать, если серверов не очень много
4) Про установку софта писал выше. Про мониторинг - по хорошему, софт надо весь вычищать. Всегда есть аналоги, которые выполнят все то, что пользователю надо. Просто нужна разъяснительная работа. Ну и поддержка руководства. Можно показать ему штрафы юр. лицам.
Совмещая ответы на 3 и 4 пункты - тебе поможет система GLPI
Бесплатное для некоммерческого использования - значит ровно то, что написано. Дома - пожалуйста, у юр. лица -нини. Убунту ставить можно, я не знаю где вы нашли такой пункт)
Много получилось, но и вопросы у вас глобальные)
Резюмируя - ищите себе поддержку в лице руководства. Без нее никак.