У вас в коде много мусора...
var holder = document.getElementById('holder'); //Равна null
По-хорошему, надо так:
document.addEventListener("DOMContentLoaded", function(){
var holder = document.querySelector("#holder")
window.ondragover = window.ondragleave = function(e){e = e||event;
e.preventDefault ? e.preventDefault() : (e.returnValue = false)
if((e.currentTarget||e.srcElement)===holder) holder.classList.toggle("hover");
};
holder.ondrop = function(e){
e = e||event;
e.preventDefault ? e.preventDefault() : (e.returnValue = false);
alert(e.dataTransfer.files.length);
};
});
