Immortal_pony

Чисто для разнообразия: можно воспользоваться для заливки протоколом торрентов https://en.wikipedia.org/wiki/Resilio_Sync

Cygwin

Также можно установить полноценный Ubuntu в Windows

Посмотрел в логах в чем причина

[Sat Feb 10 12:52:58.622686 2018] [mpm_prefork:notice] [pid 7009] AH00169: caught SIGTERM, shutting down

Это не причина, ищите причину выше по логу.

1. Папка /var/www/html по умолчанию папка для файлов сайта по-умолчанию. Соответственно, складывать файлы своего сайта внутрь нее не совсем корректно. Более правильным решением будет вынести папку trainingYii на один уровень иерархии с html, то есть разместить ее по адресу /var/www/trainingYii.

2. Точка входа у Yii находится в папке "web", а не в корне. Это надо отразить в "DocumentRoot" и "Directory" в конфигурационном файле виртуального хоста.

3. Хранить логи web-server'а в /var/www тоже не очень хорошая идея. Либо складывайте их в /var/log/apache2 (по умолчанию), либо в то же место, где хранит логи Yii (...runtime/logs).

C учетом этих рекомендаций конфиг будет выглядеть примерно так:

<VirtualHost *:80>
        ServerName yii2-app
        DirectoryIndex index.php
        DocumentRoot /var/www/trainingYii/web/

        <Directory /var/www/trainingYii/web/>
                Options +FollowSymLinks +MultiViews
                AllowOverride All
                Order allow,deny
                allow from all
        </Directory>

        ErrorLog /var/www/trainingYii/runtime/logyii2-app/runtime/logs/apache-error.log
        CustomLog /var/www/trainingYii/runtime/logs/apache-access.log combined
</VirtualHost>

И делаю символическую ссылку

sudo ln -s /etc/apache2/sites-available/yii2-app.conf /etc/apache2/sites-enabled/yii2-app.conf

Не надо так делать. Еслть специальная команда a2ensite, которая, в частности, сама эту ссылку создаст.
a2ensite yii2-app

Никак. Для ME данный функционал не поддерживается.

Получить N-ную строку файла можно, к примеру, так:

# $n - номер необходимой строки
head -$n file | tail -1;

Предположу, что в исходных данных у вас ошибка, так как два раза упоминается db_pass и ни разу username.
Допустим, он выглядит все же так:

db
username
db_pass

Тогда в итоге должен получиться следующий код:

sudo mysqldump -u`head -2 file | tail -1` -p`head -3 file | tail -1` `head -1 file | tail -1`> $database.sql

Для обновления из административной панели, папки должны принадлежать тому же пользователю, от имени которого запущен web-сервер. Как правило, это www-data.

Что касается прав - 750 на папки, 640 на файлы.

usermod -s /bin/bash userName