Пишут, что в корневой каталог первого раздела флешки (в котором развёрнут KaliLinux) надо дополнительно положить файл
persistence.conf со следующим содержимым:
/ union
Во-вторых, метка "persistence" должна быть поставлена не на раздел в таблице разделов, а на файловую систему в её заголовке (ключ -L для mkfs).
В-третьих, раздел надо не только создать, но и отформатировать (mkfs).
Вот официальная инструкция:
https://docs.kali.org/downloading/kali-linux-live-...
Все шаги можно выполнить из самой Kali, загрузив её в обычном Live-режиме.
Лайфхак: для экспериментов намного удобнее использовать VirtualBox и загружать Linux в виртуальной машине из-под Windows, чем постоянно перезагружать физический компьютер из Windows в Linux и обратно.