Ну, если вам нужна сортировка "вручную", то и делать ее придется вручную :)
На самом деле можно сжульничать и частично автоматизировать или изменить программно, потом ручками пофиксить только то, что требует внимания.
Для начала нужно понять как в WP делается подобная "ручная" сортировка. По умолчанию WP сортирует по дате создания, от свежих к старым. Теоретически, можно выбрать все записи составив произвольный запрос с нужной сортировкой, пройтись циклом по ним и изменить даты. Часто для произвольных типов записей дата сама по себе бессмысленна (данные не имеют возраста, как посты например) и нет ничего плохого в том, чтобы ее поменять.
Второй вариант - использовать сортировку по menu_order ('orderby' => 'menu_order'). По умолчанию значение равно 0, можно точно так же выполнить WP_Query с нужными параметрами сортировки для текущих записей, потом пройтись по полученным записям циклом и установить нужный menu_order. Именно это значение используют плагины для drag-n-drop сортировки записей в админке.
Ну и да, можно просто использовать нужную сортировку только в тех местах где надо - если это глобальный WP_Query, то через хук pre_get_posts, изолируя нужные условия, если это вторичный цикл - тогда просто через параметр order_by.
