Использую стандартную под gulp заточенную сборку, уже довольно давно:
bower_components
builds
node_modules
src/
fonts/
img/
template/
header.html
footer.html
. . . . . . . .
js/
script.js
sass/
_base.scss
_butons.scss
_fonts.scss
_forms.scss
_media.scss
_mixins.scss
_sprite.scss
_style.scss
_variables.scss
main.scss
index.html
.gitignore
bower.json
gulpfile.js
package.json
на выходе можно получить две версии:
/production (минифицированные файлы)
/development
в зависимости от необходимости, внутри папок стандартный набор:
css/
main.css
vendor.css
fonts/
img/
js/
script.js
vendor.js
index.html