Илья Гром

Нужен для удобства. 15 машин уже можно в домен пихать.

Нет.

Можете защитить от прощупывания конкретную машину:

iptables -A INPUT -p icmp --icmp-type timestamp-request -j DROP
iptables -L -v -n

Есть ещё статья на Хабре.

Никак. Юзайте маршрутизатор и настраивайте правила.

~500 - это немало. Компы раскиданы по стране. Учётки надо перекинуть из многодоменной.
Я советую создавать также многодоменную.

Возможно виноват установленный софт. Проверьте скорость с Wifi Analyzer.

Никогда не поздно посоветовать. А вообще, как имевший подобные коллизии с девушкой, можно время от времени юзать vkbot, там можно экспортировать медиа, сообщения, фото, списки пабликов, друзей и т.д. Да и вроде там есть функционал, позволяющий восстанавливать недавно удалённые сообщения