Проверьте сайт любмым краулером, например, screaming frog, xenu или netpeak. Сравните данные краулинга с тем, что видит Яндекс. Вы увидите с каких страниц идут ссылки на 404-е, останется только удаляить битые ссылки.
Посмотрите в инструменте "Проверка ответа сервера". После проверки внизу будет код. А для того, чтобы написать им в футере есть ссылка "Обратная связь".
Отчёт "Страницы выхода", переключите с древовидной структуры на постраничную, в поиск вбейте необходимую страницу, и смотрите в графе количество отказов.
А тег canonical вы проверяли в коде на страницах?
Со всех неглавных страниц, как я предполагаю, у вас он направляет на главную. Соответственно, вам нужно убрать этот тег на всех страницах, и сайт будет индексироваться.
Ankhena уже выложила календарь текстовых апдейтов, можно на него ориентироваться, но я бы не парился на этот счёт. В течении недели наверняка обновит. При обновлении индекса в т.ч. изменится и ранжирование, т.е. поменяются позиции. Если до этого сайт уже занимал какие-то позиции, рекомендую настроить редиректы со старых адресов url на новые.
"когда вбиваешь запрос "грузовые автомобили в москве", то показывается главная страница сайта, а страницы, которая заточена под грузовые авто в выдаче нету (как минимум до 10 страницы листал, ее там не было)"
Конечно не будет показываться две страницы одного сайта в выдаче.
Не нужно делать из ИКС карго-культ!)
Анализируйте важные и существенные показатели: трафик, позиции, конверсии и т.д.
Если начинать анализ с этих данных, то вопросов, почему просел ИКС, у вас не будет.
Проблемы тут точно нет. Возможно, Яндекс ещё не успел сформировать структуру, возможно посчитал тот раздел, который не отображает полностью менее приоритетным. Зацикливаться на этом точно не стоит)
Попробуйте проверить внутреннюю перелинковку и количество ссылок на те страницы, которые сейчас выводятся в быстрых ссылках, т.к. это одна из факторов их формирования.