Почему Яндекс не выводит в поиск страницы со статусом «Каноническая»?
В «Яндекс Вебмастер», в разделе «Мониторинг важных страниц», главная страница имеет статус: в поиске, все остальные страницы имеют статус: неканоническая после нескольких обходов.
В поиске Яндекса, по запросу site:domain.ru выводит одну единственную главную страницу. В «Google» по аналогичному запросу, все страницы выводятся в поиске.
А тег canonical вы проверяли в коде на страницах?
Со всех неглавных страниц, как я предполагаю, у вас он направляет на главную. Соответственно, вам нужно убрать этот тег на всех страницах, и сайт будет индексироваться.