Делается это через простенькие парсеры. Которые шлют запросы, на хостинг с файлом. Можно к примеру делать так, чтоб в каком-то файле на хостинге хранились данные о версии, чтоб перед загрузкой, сначала из текстового файла сравнить версии. И если отличаются, то просто загрузить нужный файл, и перезаписать вместо существующего.
