Нельзя так делать. А если поменяется файл так, что с другими файлами уже работать не сможет? Грубо говоря меняются методы/апишка и все такое - и вот уже ваш файл полностью несовместим с остальным проектом.
Обычного мержа хватит, но придется контролировать руками конфликты. Ну и вносить изменения минимально модифицируя сам исходный файл (зависит от языка, архитектуры и еще кучи вещей)