Если вы про ID - то ID должен быть уникален в рамках данного корневого элемента. Например - активити. В нем не может быть view с одинаковыми ID - иначе findViewByID не сможет работать. Но в двух разных активити дублировать ID можно.
В общем решение нашлось само собой. В коде было два неочевидных момента:
1) Чайлды групп ExpandableListView кешировались
2) Создание ComboBox требовало создания чайлда (который кешировался) на том этапе, когда еще групп как таковых нет - в onCreate активити.
Переделав эти две вещи проблема исчезла сама собой.
Самый простой вариант - каждой кнопке добавляете tag (setTag), в котором указываете ID строки списка, в которой надо поменять цвет.
В clickListener достаете этот самый tag (getTag), зная его достаете строку списка, ну дальше уже делаете с ним что хотите.
1) Весь код - в соответствующие теги
2) Что за пункты? Особенно шаблон для адаптера без кода вообще
3) Где сам вопрос?
Короче, вопрос переоформите, невозможно понять что вам нужно.