В ubuntu (12.04 как минимум) есть встроенная утилита deja-dup. Гуй доступен через "Параметры системы". Можно пользовать и через консоль.
Поддерживает копирование в папки, в сетевые сервисы и пр.
Если нужно просто иметь копию папки в бекапе, то можно использовать всё что описано выше. От себя добавлю "синхронизатор" Conduit