Выполняется только машинный код, который IT нагенерил, читая IL.
То есть когда твой код выполняется - все указатели в vtable уже ведут на машинный код.
Последний тезис я не смог расшифровать
если описать метод в самом файле, то все равно тогда jit будет спрашивать о методе у методанных?
Если тебе очень интересно, как работает JIT - посмотри доклады от Егора Богатова.
Ну и ещё есть статьи на хабре.