Плюсы .htaccess: Уже встроен в веб-сервер (Доступен "Из коробки"), широко распространен, есть куча примеров использования и вариантов интеграции с другими сервисами.
Можно легко прикрутить Fail2Ban, тем самым обеспечив защиту от подбора пароля или даже ограничив круг "доверенных IP адресов".