Евгений

Плюсы .htaccess: Уже встроен в веб-сервер (Доступен "Из коробки"), широко распространен, есть куча примеров использования и вариантов интеграции с другими сервисами.
Можно легко прикрутить Fail2Ban, тем самым обеспечив защиту от подбора пароля или даже ограничив круг "доверенных IP адресов".

Средствами JS вырезаем или копируем html код вашего popup'а и вставляем его в нужном месте (до/после кода формы).
Самой форме вешаем position=relative, а окошку - absolute.

На JQuery это можно реализовать через appendTo()

Если используется SQL или подобная БД - добавляем в базу uniq(username, email), что не позволит вставлять одинаковые записи, а затем, при отправлении формы просто делаем INSERT и ловим ошибку (Если ошибки нет - запись появиться в базе. Если есть - в базу запсиь не попадёт, а мы покажем соответствующее сообщение в форме)

Мой вариант: Домашний NAS + SyncThing (Либо BitTorentSync).
Ну или любые другие аналоги дропбокса вплоть до банального rSync.
OwnCloud тоже вещь хорошая и удобная.