У меня на SlackWare более 130 vlan и никаких проблем это не вызывает имена интерфейсов вида eth0, eth1, eth2.1 ... eth2.128 ... eth2.777
Плюсом к этому совместное сосуществование стека v4 и ipv6.
Но я сталкивался с подобной проблемой на железных маршрутизаторах Huawei - у них в зависимости от модели может быть к примеру максимум 1, 2 или 60 интерфейс виланов(зашито в прошивке) , а нужное мне количество доступно лишь на железках более высокого класса и цены, собственно из за чего маршрутизатор и переехал с железяки на линуксу. Возможно в вашем случае всё можно решить в настройках ядра через /proc/ и sysctl