Все просто! Использую такое правило во всех языках:
? и : используем там где нужно задать какое то значение и на результат значения влияет условие, так же запись должна быть краткой, примеры:

// нахождение максимального значения
max = a > b ? a : b; 

// нахождения первого валидного значения
result = x != null ? x : y != null ? y : null; 

 // возврат значения по условию
return exists ? a : b;

if / else / switch /case используем в остальных случаях, пример:

// тут не разложить в тернарный оператор
if (visible) {
    a = displayObject.x; // установка переменной a
} else {
    b = displayObject.y; // установка переменой b
}

Ну вообще есть хитрый способ ) Надо создать битмап(канвас) и отрисовать туда все эти линии например с альфой 0.5, И далее пройтись по всем точкам и проверить альфа координату и если она хотя бы в одном пикселе более 0.5 то значит в том месте примерно имеется пересечение. Естественно есть много тонкостей и настроек такого способа. И не факт что будет быстрей )

Потом при переборе массива с массивом может возникнуть ситуация двойной проверки. Например 100х200 и 200х100. Можно как минимум в пару раз сократить время расчетов:

for(var i = 0; i < 4000; i++)
{
    for(var j = i + 1; j < 4000; j++ )
    {
          // check i vs j
    }
}

Внимательно читайте условие:

Удалить из него все отрицательные элементы

отсортировать оставшиеся значения по возрастанию методом перестановок

отсортированный массив вывести на экран

Это три разные части задачи. Выполните последовательно одну за другой.

Так же и со второй задачей:

Ввести массив из N целых чисел

Найти в нем минимальное значение

отсортировать элементы между первым элементом и минимальным значением по убыванию методом «пузырька»

Полученный новый массив вывести на экран