модели, контроллеры, сервисный слой реализуются как классы (если можно так сказать, ибо в js нету классов, есть прототипное наследование у объектов)
посмотрите проекты реализованные на backbone.js например. Но по сути вам будет проще вооружиться angular, где хотя бы вам не дадут разгуляться в плане написания своей системы классов и прочих велосипедов, который по сути в js и не нужны.