Изночально .header зафиксирован, но при наступлени условия он должен плавно исчезнуть и выводиться относительно своего родного местоположения. Блок исчезает мнгновенно, но ждет время отведенное под анимацию исчезновения и скрипт продолжает свою работу.
$('header').fadeOut(400).show(0, function(){
$('.header-top .contacts .phone').css('fontSize', '30px');
$('.header-top .contacts2 .phone').css('fontSize', '30px');
$('header').stop(true).css('position', 'relative').hide(0, function(){
$('.header-in').show();
$('header').css('opacity', '100').css('z-index','99').css('box-shadow', 'none')
});
})