Насколько я понял .morphsearch-close находится так сказать в модальном окне, которого изначально на странице нету? Скорее всего у вас не вешается событие на клик, решить это можно примерно так
$('body').on('click', '.morphsearch-close', function() {
...
});
А с проверкой я нефига не понял, но проверять класс можно через
if($('body').hasClass('scroll-hidden')) {
...
}