Нужно писать тексты для пользователей, а не для поисковиков.
Для внутренней оптимизации сайта есть еще много всяких подходов, помимо наводнения текста ключевиками (вот хорошая статья seo.artox-media.ru/wiki/vnutrennyaya-optimizaciya-...
Сначала проработайте и хотя бы вкратце опишите функционал вашего приложения, выделите сущности, модули, разделите на Front office и Back office.
Дальше станет понятно, что нужно реализовать в первую очередь.
Форма с регистрацией на главной странице отпугивает.
Пользователь еще не увидел, какой приложение предоставляет функционал, а уже нужна принудительная регистрация.
Если пользователю ваше приложение понравится, он сам найдет форму регистрации (расположите где-нибудь сверху ненавязчивую кнопку).
Причин может быть много:
1. Неверная настройка Apache
2. Неверная настройка каких-нибудь конфигов для Perl скриптов
3. Возможно скрипты перемещены в другие директории
И так далее.
Зависит от тематики вашего сайта, если узкоспециализированный, то, возможно, обойдетесь 2-3 тысячами рублей в месяц. Кстати, для раскрутки можете попробовать seopult.ru