FanatPHP

Ничего не понял.
Что мешает включить впн на 1, скачать файлы с 3, выключить впн и залить на 2?

Хоть и не очень элегантно, но благодаря удобству ПДО всё же и не очень громоздко,

$params = [];
$sql = "SELECT * FROM `brands` ";
if (!empty($_GET['district'])) {
    $sql .= "WHERE `district` = ?";
    $params[] = $_GET['district'];
}
$stmt = $pdo->prepare($sql);
$stmt->execute($params);

Таким же образом можно добавлять и другие условия.

Убрать строчки

global $connection;
function saveOrder (){
}
saveOrder();

И постараться впредь не писать бессмысленные закорючечки только потому что они выглядят красиво

убрать бессмысленную черточку из имени поля и написать

$ids = array_keys($_POST['add']);

С точки стандартов программирования, насколько правильно указывать у каждого класса namespace?

Других вариантов нет.

Ведь так можно легко запутаться, да и код начинает содержать символы, которых раньше мог миновать.

Это какая-то белиберда на которую я даже не знаю, что ответить. Пространства имён служат для того чтобы не путаться. Про символы вообще непонятно

Какой подход для использования spl_autoload_register из двух перечисленных является более правильным

Второй

Не в Open Server а в своем коде
1. Вместо '' надо писать null
2. Переменные никогда не пихать прямо в запрос, а передавать отдельно.
3. Чтобы не тыкать пальцем в небо в оисках ошибки, надо настроить сообщения об ошибках в mysqli

$stmt = $db->prepare("INSERT INTO `users` VALUES(null, ?,?)");
$stmt->bid_param("ss", $login, $pass);
$stmt->execute();

Как настроить вывод ошибок и вообще правильно соединяться, см здесь

Я так понял, что речь идет о размере страницы сайта.
НЕТ, "2 мб и 5000 строк кода" это абсолютно ненормально.

Вообще я бы рекомендовал задавать такие вопросы конечному потребителю. то есть гугловской утилитке

Но из чисто эмпирического опыта я бы за пару сотен килобайт максимум не вылезал.

Вся проблема в том что пишешь код непонятно зачем. Пример: зачем тебе здесь функция? Для красоты?
Сам код функции тоже написан без малейшего понимания
if ($token == $tokenbd) {
Что с чем ты здесь сравниваешь? И зачем? Что возвращает функция fetchAll()? Какой результат ты ожидаешь от этого сравнения? Зачем вообще сравнивать, если ты уже в запросе сравнил?

Вот держи, в порядке баготворительности

pdo.php

<?php

// MySQL Config
$host = "localhost";
$dbname = "api";
$user = "root";
$pass = "password";
$charset = "utf8mb4"; // кодировку за тебя кто задавать будет? Максим Галкин?

$dbh = new PDO("mysql:host=$host;dbname=$dbname;charset=$charset", $user, $pass);
// про ошибки кто будет сообщать? Доктор комаровский?
$dbh->setAttribute( PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION );

сам файл

<?php
if ($_SERVER['REQUEST_METHOD'] == 'POST') {
    require 'pdo.php';
    $sth = $dbh->prepare("SELECT 1 FROM api WHERE token = ?");
    $sth->execute(array($token));
    $tokenOK = $sth->fetchColumn();

    if ($tokenOK) {
        echo(json_encode(array('response' => 1)));
    }
}

Без описания задачи невозможно дать ответ.
Потому что он таки очень сильно зависит от типа задач.

Судя по формулировке вопроса и принятому ответу, задача - boilerplate разработка по паттернам "фигак-фигак - и в продакшен" и "отдал заказчику и забыл". В этом случае использование конструктора сайтов действительно является адекватным ответом. Рекомендую проверенное временем решение - вордпресс.

Если же задача состоит в работе над одним крупным проектом, включая в себя поддержку существующего функционала и добавление нового, то тут ответ банален - учить ООП и фреймворки, TDD. Они как раз и придуманы для того, чтобы сделать работу программиста "творческой", позволяя сосредоточиться на алгоритмах, а не технической реализации. И также позволяя вносить правки в существующий функционал минимальными усилиями. О чем некоторые комментаторы здесь не подозревают, искренне полагая что залогом производительности является скорость нажатия на клавиши crtl-c, ctrl-v

Учим различие между абсолютными и относительными путями

При этом путь желательно не вписываь жестко, а достраивать от текущего файла, используя встроенную константу __DIR__