Вообще, иконки хранятся внутри exe- или dll-файлов. Привязка к расширению прописана в реестре. Таким образом, нужно найти соответствующую запись в реестре и поправить там идентификатор иконки. Adobe Illustrator не использую, поэтому точного пути не укажу, но укажу направление. Можно править прямо в реестре, можно чрез утилиту FileTypesMan. Вот
тут, в статье рассказано, как это сделать.