Сертификатов у сайта может быть больше одного. И все могут быть валидны. Они могут быть, например, развёрнуты на разных точках входа, там их 6 штук, только в разрезе ip адресов.... В общем, всё тут ок.
"разве смысл сертификата не в том, чтобы быть одинаковым у всех?" Нет, смысл в возможности его проверки по цепочке доверия.
То, что вы хотите проверить, проверяется не так. Вам надо проверить хранилище корневых сертификатов, и посмотреть, нет-ли там чего лишнего, или импортировать заведомо корректный набор корневых сертификатов. А не тыкаться в произвольные сайты, у которых вполне может быть валидная цепочка доверия, ожидая, что когда-то попадётся какой-то где в трафик вмешались - совсем же не обязательно, что все запросы перехватываются.
Ну и смотреть не отпечаток, а цепочку доверия тогда уж - если есть подмена, будет какой-то левый корневой сертификат в начале.
