отключите все диски кроме нужного, на который ставить ubuntu
запишите флешку с ueffi или без, в зависимости от настроек БИОС
установите ubuntu, в конце поставится загрузчк
Подключите остальные диски
При запуске ПК выберите диск с которого надо загрузится - с виндой или с линукс