Юрий Бортник

Нужно проверить настройки mysql. Особенно обратить внимание на max_allowed_packet. Должно бьіть больше 16M

Установить mysqltuner и посмотреть его вьіхлоп. И да, если данньіх много, а ОЗУ мало — можно сделать только хуже.
Включить slowlog, проанализировать его с помощью percona tools, возможно придется добавить парочку—другую индексов. Вариантов масса.

Єтот скрипт адаптируется без проблем, а тот что скачивается - как собираетесь обрабатівать?

Сеть в домене? Проверьте домменніе политики на присутствие авторазвертівания/автозапуска программ.

Wunderlist - облачный, клиента нет разве что под калькулятор 8)

Не аптаймом единым... 8)
Сетевые настройки в процессе не менял на сервере?
И на руткиты провериться не мешало б.

Посмотрите на froxlor - проще не бывает)

Скорее всего это будет служба автообновления. Довольно часто сталкивался при "битых" файлах в кеше службы. Решение: остановить службу, удалить содержимое, запустить.

Вместо ПК - дешевенький коммутатор на 5 портов. На ПК в обеих сетях сменить маску с 255.255.255.0 на 255.255.0.0
И научиться в вопросе указывать цель. 8)

Ищи троян/кейлоггер/итд на ПК/смартфоне, где пользуются ящиком.

# svn up /usr/ports
# portupgrade -arR

В принципе - любой пакетный. Главное что бы был доступен легковесный DE

Какой очаровательный ужас 8)
Самое главное уточнить у организаций, какое оборудование они собираются ставить у себя. Исходя из этого рисовать схему и курить очереди.

А шлюз на втором сервере указан на роутер?

Тоже мучался с таким вопросом. Из всего пересмотреного выбрал TightVNC.