У вас получается, что на одном сервере может стоять много модов, но один мод может стоять на множестве серверов, т.е. связь "многие ко многим". В таких случаях делают таблицу связи.
CREATE TABLE 'servers' (
'server_id' mediumint(5) unsigned NOT NULL,
'server_game' varchar(100) DEFAULT NULL,
'game_mod' mediumint(10)
);
CREATE TABLE 'game_mods' (
'mod_id' mediumint(5) unsigned NOT NULL,
'mod_name' varchar(100) DEFAULT NULL,
'is_pvp' integer(5) NOT NULL,
...
);
CREATE TABLE 'servers_game_mods' (
'server_id' mediumint(5) unsigned NOT NULL,
'game_mod_id' mediumint(5) unsigned NOT NULL
);
select * from servers s
join servers_game_mods sgm on sgm.server_id = s.server_id
join game_mods gm on gm.mod_id = sgm.game_mod_id
where s.server_game = 'minecraft' and gm.is_pvp = true;
Как-то так вроде бы. Остаётся только заполнить таблицу связи корректно (какие моды на каком сервере установлены).