На страницу может быть только 1 ID, на то он и уникальный идентификатор.

Сделай через класс:

$('.departure').kladr({
        type: $.kladr.type.city
    });

И всем инпутам добавь класс:

<input class="one departure">
<input class="one two departure">

какими навыками я должен обладать

Уметь все это разделить на мелкие компоненты. Так чтобы в связи представляли твой конечный результат. Большая цель она выглядит непонятной, не ясно как к ней подступиться. Поэтому попробуй разбить это на небольшие кусочки. И соединяй их постепенно. Для каждого кусочка тебе понадобятся определенные знания, уже будешь знать конкретно какие, и появятся конкретные вопросы, появятся вопросы, сможешь находить решения и идти дальше. Задавай вопросы, находи решения, делай и по новой.
Если кажется это слишком простым, попробуй это сделать и уже сможешь выложить это как вопрос, например: "Правильно ли я декомпозировал мою идею на подзадачи?"
Тогда тебе уже смогут поправить и подсказать более детально.