Устанавливаете любой дистр, который Вам ближе, удобнее и т.д. Если вообще не работали с linux, то я бы начал с rhel/debian, если в организации уже отдали предпочтение какой-либо ветке, то начните именно с нее.
Поставили какой-нить minimal-server и вперед - начните с настройки сети, изучите текстовые редакторы, разберитесь с менеджером пакетов, разворачивайте базовые службы типа dhns/dhcp/mail/ftp/apache и прочие ngnx с glassfish'ами...
По мере набивания шишек, возникнет много вопросов, а там знания, глядишь, придут. Там дальше уже сами поймете, куда двигаться.
Кстати да, lpik1 вполне себе годный курс для новичка, но и про man-pages и официальную документацию не забывайте.